Avrupa'nın kuzey doğusunda Baltık ülkeleri arasında en kuzeyde bulunan Estonya, ılıman iklimi ve nispeten sert hava koşulları ile tanınır. Denizden gelen esintiler ile iklim her ne kadar dengelenerek ılımanlaşsa da, genel itibariyle soğuk bir atmosfer bu ülkede hüküm sürer.
Ilıman iklim olarak geçen iklim türünün bölgeye hakim olması Estonya'yı da etkiler. Ilıman iklimin mevcut hava şartları, Atlas Okyanusu'nun kuzey bölgelerinde esen siklonların etkisinde kalır. Bu siklonlar yaz mevsiminde serin, kış mevsiminde ise sıcak hava kütlelerini ülkeye taşıyarak havayı dengeler. Normal şartlarda, güney komşusu Letonya ve kuzey komşusu Finlandiya çok soğuk olmasına rağmen, bu hava kütleleri ile Estonya biraz daha ortalama yaşam şartlarına sahiptir.
Ortalama sıcaklıklar ılıman iklim şartlarına göre normal değerlerinde görünür. Söz konusu sıcaklıklar yaz mevsiminde 17 derece, kış mevsiminde ise -5 derece olarak ölçülür. Kış mevsiminde deniz havasının ve denizden gelen hava kütlelerinin de ülkeye etki etmesi ile sıcaklık zaman zaman normalleşirken, genellikle çok düşük sıcaklık değerleri tespit edilir. Baltık ülkelerinin genelinde kış mevsimi şartları sert geçer.
Daha çok kış mevsiminde yağış alan, özellikle de kar yağışlarının yoğun olarak görüldüğü Estonya'da senelik yağış ortalamaları da bir hayli yüksektir. Yıllık yağış miktarı ortalama olarak 610 mm ile 710 mm arasında değişkenlik gösterir. Yaz mevsiminde kar yağışı yerini düşük miktarda yağmur yağışına bırakır.
Yağışlardan ve hava koşullarından dolayı Estonya bitki örtüsü de kendisini doğal şartlara adapte eder. Bu nedenle ülkenin neredeyse üçte birlik bir bölümü ormanlık alanlar ile kaplıdır. Ormanların içinde çok çeşitli bitkiler ve ağaçlar yetişir. Söz konusu ağaç çeşitleri ve bitki türleri arasında ise köknar ağacı, huş, çam ağacı ve titrek kavaklar da bulunur. Öte yandan yalnızca ormanlar değil, bataklık araziler ve çayırlık bölgeler de Estonya'nın doğal bitki örtüsü dahilinde değerlendirilir.
Ayı, tilki, porsuk, geyik, tavşan, yaban domuzu gibi çok çeşitli hayvanlar da Estonya iklim şartları ve bitki örtüsü çerçevesinde görülen canlılardır.